Первыми укрепленные поселения на этой территории строили далматы — одно из иллирийских племен. Это уже исторически доказанный факт, как и то, что народ был боевой, производил достойное для своего времени оружие, и во времена римских завоеваний построил немало оборонительных крепостей. Во время Четвертой Далматской войны (34 -33 гг до н.э.) римляне захватили город Соетовио/Soetovio, который был на тот момент Далматской столицей (после захвата предыдущих столиц), а это как раз территория современного Клиса. Раз уж тут была столица, то наверняка и крепость.

В первых письменных упоминаниях крепость уже обозначена как римская Kleisa, которую атакуют аваро-славянские племена. Римская империя им проиграла, вскоре потеряла Далмацию, и в 7 веке территорию заселили хорваты. В 9 веке Клис становится одним из центров хорватского государства. Крепостью владеет князь Trpimir — основатель династии Трпимировичей. Затем на протяжении нескольких веков крепость меняет владельцев, конечно, не всегда безболезненно, ведь как и любой стратегически важный объект, Клис — лакомый кусочек для всех, кто стремится к власти. Крепость имела не только важное оборонное значение, но и держала под контролем торговые пути между прибрежными городами Хорватии и удаленными районами, а также Боснией. Но все эти передряги — мелочь по сравнению с турецким вторжением в 16м веке.

Европейские державы, занятые своими проблемами, отказались помогать Хорватии в борьбе с турками, пришлось рассчитывать только на себя. 25 лет защитники крепости отбивали турецкие атаки, пока 12 марта 1537 года не погиб капитан Petar Kružić: со смертью командира боевой дух упал, турки в битве победили, и Клис стал турецкой территорией на следующие 111 лет. При этом Сплит оставался под властью Венеции, река Jadro была границей между двумя оккупированными территориями. После победы турок, большинство жителей бежало из Клиса, и в крепости стала ощущаться явная нехватка рабочей силы. Чтобы привлечь население, турки разрешили крестьянам возделывать окрестные земли и пасти скот. Венецианцы не раз пытались отбить крепость — безуспешно, хорваты же потихоньку собирали информацию о силе и планах противника. Это даже помогло однажды захватить крепость, но, увы, ненадолго.

Только 31 марта 1648 г. Венецианская армия во главе с генералом Леонардо Фосколо /Leonardo Foscolo, при поддержке местных жителей (хорватам удалось собрать многотысячную армию) освободила Клис от турок, после 10 дней битвы. Через несколько лет турки пытались вернуть себе Клис, но потерпели поражение. Мирное население стало возвращаться в эти места. У стен крепости снова появилась деревня.

До 1797 года Клис оставался военной базой венецианцев. Крепость была полностью восстановлена и значительно расширена.

После падения Венецианской республики, Клисом завладели австрийцы. Конечно, им пришлось на несколько лет уступить крепость французам (с 1805 по 1813 гг), но это совсем незначительные перемены в долгой истории Клиса. Так или иначе, австрийцы правили до конца Первой мировой войны в 1918 году. В этот период большое внимание стало уделяться экономике региона, местные жители перешли работать на заводы, открывающиеся в окрестностях; была построена гидроэлектростанция и новые дороги.

После 1918 года история Клиса та же, что и у всей Хорватии: крепость оказалась в Королевстве сербов, хорватов и словенцев, а затем в Югославии.
Во время Второй мировой войны, с апреля 1941 года до октября 1944 года, крепость была оккупирована немецкими и итальянскими войсками. Видимо, во время боев она была сильно разрушена, потому что после этого для военных целей уже никогда не использовалась.
В наше время Клис потихонечку восстанавливают. Работ, в таком темпе, хватит на несколько поколений. Но это не мешает туристам приезжать в крепость и получать удовольствие от увиденного.